Hola Marcela, es un tema súper delicado. 
En lo personal yo te recomendaría decirle la verdad a tu hija, no de tajón ni como un tema sumamente serio. 
Como algo normal, si tú actúas como si estuviera mal, ella va a resentir eso. 
Poco a poco ve hablándole del tema. Casual, de manera que entienda que no está mal tener un papá E INDEPENDIENTEMENTE de lo que paso entre ustedes, ella tiene un papá y eso está bien, solo por las circunstancias no había podido conocerlo pero ahora tal vez pueda, pregúntale si a ella le gustaría y respeta su decisión. 
Es importantísimo mencionar QUE NO IMPORTA lo que haya pasado entre su papá y tu JAMÁS le debes hablar mal de su papá a tu hija. Los niños son sumamente perceptivos y sensibles y si ella siente tu rencor hacia él podría generar rencor también en su corazoncito y eso repercutirá directamente en sus relaciones personales por el resto de su vida. 

Como dije, mi consejo sería acercarte a ella y platicarlo, pero si "NECESITAMOS HABLAR"... (continúa)

(Continúa aquí)... Sin la seriedad de "necesitamos hablar" ni nada que la vaya a espantar. 
Como si estuvieras hablándole de la escuela o un tema "común" y sin meter tus emociones de por medio, un dia saca el tema o mejor, deja que ella saque el tema y dile "a ti te gustaría conocer a tu papá?" habla bien de sus emociones y contándole la verdad siempre, la verdad APROPIADA para su edad. 
Porque como dije, si te cierras o decides mentirle por algo, la verdad siempre saldrá a la luz y ella inevitablemente crecerá y entenderá, el cómo trates y lleves la relación con su padre será de suma importancia para el resto de la vida de tu hija, por eso, a toda costa, procura llevar una relación de respeto siempre. Si  ya de plano el papá es muy patán y vez que le hace daño o a la envenena contra ti, entonces ya será mejor tomar otras medidas, pero mi consejo siempre va a ser, ten una comunicación adecuada y honesta con tu hija. La verdad siempre sale a la luz. Mucha suerte! 

No sé qué explicación tuviera tu pequeña anteriormente sobre su padre. Pero puedes platicar con ella como los adultos no lo saben todo y no siempre están preparados para todo, en este caso, para ser papá. Él tuvo que alejarse un tiempo y aprender algunas cosas porque como la quiere mucho, no quería equivocarse en ser papá. Ahora ya se siente más preparado y entendió que no siempre va a saber todo, pero que ella le ayudará platicando y jugando con él y él será muy feliz aprendiendo a su lado.
Les deseo de todo corazón una bonita integración

Platica con ella primero y luego los tres juntos